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PFA膜和PTFE膜主要有以下区别：
分子结构：PTFE由纯四氟乙烯聚合而成，分子链呈刚性排列。PFA是在PTFE分子链中引入全氟烷氧基侧链，这一结构变化降低了PFA的结晶度，使其具备不同的性能和加工特性。
外观：PFA膜通常为半透明或透明状态，而PTFE膜一般呈现乳白色不透明状态。
加工性能：PTFE加工难度较高，需通过高温烧结成型。PFA具有热塑性，可通过挤出或注塑等方式成型，能加工成复杂结构，加工范围更广，成型性能。
耐化学腐蚀性：两者都有极强的耐化学腐蚀性，几乎能抵抗所有强酸、强碱及有机溶剂的侵蚀。但PFA在高温下的化学惰性更突出，例如在260℃浓硫酸中连续工作2000小时后，PFA的抗拉强度保留率仍超过95%，而PTFE在同等条件下会出现轻微溶胀。
耐温性能：PTFE的短期耐温上限更高，可达320℃，长期使用温度范围一般为-80℃~260℃。PFA长期耐温范围是-80℃~260℃，其熔融温度为305℃，较PTFE更低，更适合注塑加工。并且PTFE在260℃以上会发生轻微热膨胀，PFA的热变形温度更高，在高温高压流体输送中形变率更低。
机械性能：PFA的断裂伸长率可达300%，弯曲模量仅700MPa，柔韧性好，适合复杂管路布局。PTFE弯曲模量高达6000MPa，更适合直线输送系统。不过PTFE的性更优，在阀门密封件应用中，其磨损量仅为PFA的1/3。